台湾新上任的台独教育部长吴昆茂上任不到一星期，立刻以最快速度决定，否决台大「校长遴选委员会」选出的新任校长管中闵的人事案，并要求台大重新办理遴选。这是台独阵营在角逐台湾学术界龙头「国立台湾大学」校长宝座的一大胜利，但几乎也是台湾民主政治的熄灯号。

教育部驳回遴选结果的理由是，「有经济法律上重大利益未回避的适法疑虑，台大未善尽应尽责任，基本诚信未被彰显，甚至被含糊以对」。但教育部所指的「台哥大」独立董事问题，及违法在大陆大学兼职问题，早已经由台大校方及遴选委员会二度公开确认「并无疑义」。

教育部的粗鲁蛮干，已经引起返弹。台湾的「国立大学院校协会」发表声明支持台大校方的遴选作业和结果指出，国立大学校长遴选委员会，由各大学独立推选五分之四的委员，与政府代表共同组成，来自大学外部的委员比例超过校内委员，显示委员会并非属于学校。遴选委员会是获得大学完全授权的「社会公器」进行校长遴选。决定人选后送主管机关聘任，完成遴选程序。基于大学自治精神，政府不应干预遴选结果。

台湾大学也发表声明指出，遴选委员会依法遴选出管中闵，一切合乎规定，对于教育部的决定「深感错愕，并表达遗憾与强烈异议」。校方认为，教育部的决定，不仅不利于高等教育未来发展，也已经对于台湾的大学发展产生重大负面影响。

台大校长遴选委员会的声明则表示，遴选过程中，戒慎遵守各项「回避原则」及「利益冲突」规范；遴委会对于教育部所称「重大行政瑕疵」，及要求「驳回管中闵台大校长资格，重新进行遴选」，完全无法接受。

中研院院士、香港城市大学校长郭位指出，政治霸凌高教，国际罕见，「政府较百年前的军阀还等而下之」。

台湾文化部前部长、知名作家龙应台指出，这是一个台湾百年民主追求史上的里程碑，这样的决定显然是在总统蔡英文的许可，行政院长赖清德拍板下做成的，在他们身为政治人物的从政史上，留下一个纪录，为一党之私，他们破坏了「大学自主」的核心精神。

由于各界高度怀疑是高层政治人物在幕后操盘，台湾总统蔡英文面对媒体质疑时说，这是一个专业的决定，由教育部来处理，也应该尊重教育部的决定。行政院长赖清德不愿响应；行政院发言人则说，如果府院介入，早就处理了，怎么会拖这么久。

本来应该在二月上任的台大校长当选人管中闵在个人脸书发文指出，这是台湾争取大学自治的重大挫败，教育部也将因违法践踏大学自治而被加载史册，他还说，「我们必将赢回大学自治，台湾大学也将因此屹立不摇」。

据了解，管中闵的义务律师团将把本案诉诸法律，到行政法庭，打行政诉讼，控告行政机关作为不当。